カードゲーム「バディファイト」のカードを通して様々な異世界と繋がった2030年頃の地球。異世界から現れるバディモンスターたちは己が選んだ人間・バディファイターとバディを組んで地球に滞在し、その存在はすっかり日常に馴染み深いものとなっていた。バディレアを引き当ててバディファイターになることを夢見る相棒学園初等部6年生の未門牙王は、その常識外れな行動から異世界「ドラゴンワールド」のモンスター・武装騎竜ドラムバンカー・ドラゴンの目に留まり、彼とバディを組むことになる。犯罪バディファイターを取り締まるバディポリスの少年・龍炎寺タスクをはじめとした多くのファイターと交流しながら、牙王とドラムは絆を深め、共に成長していく。