モローとの戦いに勝利し、ニンジャゴーシティを救ったニンジャたち。平和を取り戻し街の人気者となったのも束の間、新たな敵が現れる。 彼らの前に現れた新たな敵は、海賊ミスフォーチュンの船長である、「ナダカーン」。ナダカーンは、ニンジャたちとモローとの戦いが自分の故郷の崩壊につながったことを知り、復讐を決意。ナダカーンと仲間は、「海賊船ミスフォーチュン号」を改造した、空飛ぶ「空賊母艦ミスフォーチュン号」に乗り込み、ニンジャたちを襲う。 ニンジャゴー史上、最強な敵との天空の戦いが繰り広げられる。