もうすぐ中学2年生になる主人公・朝日奈みらいは春休みのとある日、魔法の宝石リンクルストーン・エメラルドを探しに人間界（ナシマホウ界）に降り立った魔法学校に通う魔法使いの少女・リコと出会う。するとそこへ、同じくリンクルストーン・エメラルドを手に入れ世界侵略を企む組織ドクロクシーの幹部と怪物ヨクバールが現れる。みらいとリコはリンクルストーン・エメラルドを集めるため「伝説の魔法つかい」魔法つかいプリキュアへ変身し対峙することに。みらいはキュアミラクル、リコはキュアマジカルに覚醒し、またその力でみらいが大事にしているぬいぐるみのモフルンがしゃべるようになり、2人のパートナー妖精となる。

キュアミラクルとキュアマジカルの2人は、ドクロクシーの野望を阻止すべく戦いに挑む。